Structuré en ASBL, le Pingouin est géré par un conseil d'administration composé d'un groupe de bénévoles qui se répartissent les différentes responsabilités au sein du club (coordination sportive, comité des jeunes, finances, communication, sponsoring, santé et discipline, infrastructure, événementiel).

Lors de son assemblée générale extraordinaire du 28 septembre 2017, le club a adopté à l'unanimité l'idée d'élargir la composition du CA de manière à avoir par responsabilité deux administrateurs, en veillant à respecter la parité des genres. Une modification des statuts de l'ASBL est en cours de préparation.